Viện Mekong là trung tâm nghiên cứu liên ngành nhằm thúc đẩy phát triển bền vững và tăng cường khả năng phục hồi cho các vùng châu thổ và lưu vực sông. Viện định hướng hoạt động theo tầm nhìn LEAD (Learning, Excellence, Advancement, Development), thực hiện sứ mệnh RISE (Research, Integrate, Support, Engage), và đảm nhiệm chức năng theo khung REACH (Refine, Educate, Advance, Connect, Harness).