Tích hợp (Integration) – Hợp tác để khai thác sức mạnh tập thể: 

+ Xây dựng quan hệ đối tác vững chắc nhằm tích hợp tri thức khoa học và tri thức bản địa, tích hợp nguồn lực và phát triển mạng lưới để cùng kiến tạo giải pháp hiệu quả cho phát triển bền vững lưu vực sông Mekong.

Bản sắc (Identity) – Khác biệt tạo nên dấu ấn riêng:

+ Định hình bản sắc riêng của Viện thông qua những kết quả nghiên cứu khoa học có tác động rõ rệt, phản ánh giá trị cốt lõi, đáp ứng kỳ vọng đối tác và tạo ảnh hưởng tích cực cho xã hội.

Đổi mới (Innovation) – Thay đổi để thích ứng và tạo giá trị:

+ Nuôi dưỡng tư duy tiên phong và không ngừng cải tiến cách thức vận hành và tạo ra giá trị

+ Xem đổi mới là động lực cốt lõi giúp Viện thích ứng, duy trì hiệu quả và khẳng định vai trò trong một thế giới luôn thay đổi.