Viện Mekong thúc đẩy phát triển bền vững và tăng cường khả năng phục hồi cho các vùng đồng bằng và lưu vực sông thông qua bốn trụ cột chiến lược RISE: Nghiên cứu liên ngành (Research), Tích hợp tri thức khoa học và tri thức bản địa (Integrate), Hỗ trợ đổi mới kỹ thuật và chính sách (Support), và Tham gia cùng các bên liên quan trong hành động hợp tác đa cấp (Engage).